Vecākais zināmais Penkules rakstiskais minējums ir 1272. gada 7. oktobra dokumentā par Spārnenes novada sadalīšanas protokolu, kur minēts ciems Wanpen.
Iespējams, ka Kurzemes hercogistes laikos Penkule ietilpa Tērvetes novadā.
17. gs. otrajā pusē novadā iebruka gan zviedri, gan sakši, bet 18. gs. sākumā - krievi. Par cīņām ar tiem liecina teikas, kā arī vietvārdi - Zviedrājs pie Laģiem, Krievu kapi pie Vecvagarēm u.c.
1873. gadā izbūvēja dzelzceļa līniju Jelgava - Mažeiķi. Ap šo laiku sāka attīstīties no baroniem iepirktās saimniecības. Lielākās no tām bija Ausekļi, Laģi, Supas, Vecvagari.
Gadu desmitu un simtu laikā Penkules pagasta robežas mainītas neskaitāmas reizes. 19. gs. tas skaitījās kroņa (valsts) pagasts, 20. gs. sākumā Penkulei pievienoja otru kroņa pagastu - Kroņa Auci.
20. gs. sākumā Penkules pagasts veidoja apvienību no Penkules, Cimeres un Kroņauces pagastiem. Katram no tiem bija sava pārvaldība, bet tad tie tika apvienoti vienā Penkules pagastā ar vienu pagasta namu un divām skolām - Penkulē un Kroņaucē. Pagasta nams vispirms atradies jaunuzbūvētajā skolas ēkā, tad pārcēlies uz jauno pagasta namu (tagadējo pasta ēku). Pagasta zemes platība bija 15000 pūrvietas (1 pūrvieta - 0,36 ha). No visas zemes platības apmēram 3500 pūrvietas aizņēma meži, no kuriem visievērojamākais bija Silatīļu, Bramaņu un Sēju mežs, kur atrodas kapsēta.
Pateicoties zemes stāvoklim, kurš uzskatāms par caurmērā vidēji labu, saimnieciskais stāvoklis uzplauka jau ar pirmskara gadiem - vienmērīgi labi bija attīstīta graudkopība un lopkopība.
Penkules pagastā 20. gs. sākumā dzīvoja apmēram 1300 iedzīvotāju. No tiem tikai kādi pāris desmiti bija lietuvieši un daži krievi, pārējie bija latvieši. Pirms 1. pasaules kara Penkulē klejoja čigānu bari, bet pēc kara tie apmetās uz renti vai izklīda. Pirmā pasaules kara laikā gandrīz visi iedzīvotāji bija aizbēguši, jo krievu kareivji dzina ar varu ārā no mājām. 1. pasaules kara laikā pagasta robežās nekādas cīņas nenotika, tāpēc ēkas cieta maz. Vairāk cietusi skola un pagasta nams, kurus par mītnēm bija izraudzījies vācu karaspēks. Bēgļi, kuri aizbēga 1915. gadā, pārnāca tikai 1918. - 1921. gadā. Atgriežoties no bēgļu gaitām, cilvēkiem nebija jāuztraucas par savām mājām, jo tās nebija nodedzinātas, tikai mantas bija saplēstas, sadedzinātas vai arī nolaupītas.
Ar Latvijas valsts nodibināšanos atplauka saimnieciskā, pašvaldības un sabiedriskā dzīve. Penkulē uzbūvēja dzelzceļa staciju, uzcēla biedrības namu, izbūvēja modernu nespējnieku patversmi un uzcēla jaunu, plašu skolas ēku. Iedzīvotāji galvenokārt nodarbojās ar zemkopību, atsevišķi saimnieki - ar dravniecību un dārzkopību. Dravniecība tomēr bija uz zema līmeņa. Dārzkopība sāka atjaunoties pēc 1. pasaules kara, daudz stādīja augļu dārzus. Ogu dārzu bija maz, gandrīz nemaz neaudzēja upenes, jo ar tām bija pilni meži. Iedzīvotāji, kuri atgriezās no bēgļu gaitām Vidzemē, sēja kaņepes, kuras pirms tam Penkulē neaudzēja.
Otrā pasaules kara laikā aktīva kara darbība Penkules pagasta teritorijā nenotika un frontes līnija pagasta teritoriju nešķērsoja. Vienīgā celtne, kura cieta kara laikā, bija skola un nelielas blakus esošās ēkas. Skola gan necieta no aktīvas kara darbības, to vācieši atkāpjoties uzspridzināja. Kara laikā Penkulē ieradās bēgļi - vispirms no Krievijas, kurus vācu karaspēks sūtīja projām no frontes līnijas, vēlāk, vāciešiem atkāpjoties, ieradās bēgļi no Daugavpils apkārtnes.
Muižas. Ālaves muiža celta 19. gs. Tā ir divstāvu koka celtne, apakšā ir lieli pagrabi. Kādreiz muižas apkārtnē bijis liels un skaists parks ar retu sugu kokiem, bet tagad tas ir aizaudzis. Ap visām muižas durvīm bijuši skaisti kokgriezumi. Muižas ēka ir ļoti sliktā stāvoklī. Augšējā stāvā sen neviens vairs nedzīvo.
Cimeres muiža bija liela, no koka celta dzīvojamā māja. Tajā bija kādas 12 istabas. Netālu no dzīvojamās ēkas atradās lielas graudu noliktavas, zirgu stallis un vēl dažas mazākas saimniecības ēkas. Ap dzīvojamo ēku auga daudz lielu koku.
Skola. Arhīva fonda "Kurzemes lauku skolu virskomisija" dokumentos redzams, ka Penkules pagasta skola dibināta pēc 1875. gada. 1886. gadā sastādītajā Kurzemes guberņas skolu sarakstā minēta arī Pankeldorfas (Penkules) pagasta skola.
1888. gadā skola pārcēlās no "Ķesteru" mājām uz jaunuzcelto skolas ēku Penkules pagasta centrā.
1937. gada 24. septembrī skola atkal pārcēlās uz jaunu divstāvu celtni. No četrgadīgas skolas izveidoja sešgadīgu pamatskolu, kurā strādāja skolas pārzinis un seši skolotāji.
1940. gada 27. janvārī pie Penkules 6-gadīgās pamatskolas nodibinājās Penkules pamatskolas karoga fonds. 1940. gada izlaidumā karogu iesvētīja. Skolas karogā bija ierakstīta devīze "Mūsu domas un darbus vienotai latvju tautai". Otrā pasaules kara laikā karogs aizgāja bojā. 1998. gadā karogu atjaunoja. Izlaidumā, klāt esot Latvijas Valsts prezidentam Guntim Ulmanim, atjaunoto skolas karogu iesvētīja. 1944. gadā vācieši skolas telpās novietoja Latvijas pilsētu tipogrāfiju iekārtas, lai tās tālāk nosūtītu uz Vāciju. Atkāpjoties, lai vērtīgās iekārtas neatstātu padomju rokās, vācu armija skolu sabombardēja. Skola nodega līdz pamatiem. 1944. gada rudenī par skolu izraudzījās "Lielpreciniekus", kuru saimnieki bija devušies bēgļu gaitās. Telpas bija šauras un neatbilda skolas vajadzībām, tāpat nebija piemērota inventāra. Ar 1945. gada rudeni pirmās četras klases uzsāka mācīties "Bemberos". Skolēnu skaits strauji auga - līdz 207 skolēniem. Ar 1946. gadu skola tika pārveidota par 7-gadīgo pamatskolu. Tā savā rīcībā ieguva vēl vienu ēku - bijušo pagasta namu (tagadējo pasta ēku), kur ierīkoja vēl divas klašu telpas. 1946. gadā sākās nodegušās skolas atjaunošanas darbi, tos pabeidza 1949. gadā, un oktobrī skolēni uzsāka mācības atjaunotajā ēka.
20. gs. 50-to gadu 2. pusē izveidotas divas skolas filiāles. Viena dažus gadus atradās "Klūnās", kur skolēni mācījās krievu un latviešu plūsmās. Otra filiāle - Zemgales pamatskola - darbojās "Stiļļos". Abas filiāles tika likvidētas 70-to gadu sākumā sakarā ar skolēnu skaita samazināšanos.
1961. gadā kolhozs "Penkule" skolai nodeva arī bijušo veco skolas ēku, tika uzsākts šīs ēkas kapitālais remonts un pārbūve. Uz to pārcēla internātu. 1961./1962. mācību gadā skolā atvēra 8. klasi. Ar 1962./1963. mācību gadu tā tika pārveidota par Penkules astoņgadīgo skolu.
Tā kā draudze bija pārstājusi darboties, tad 1965. gadā bijušās Penkules baznīcas telpās ierīkoja sporta zāli, kuru izmantoja gan skola, gan Penkules ciema sportisti. 1994. gadā baznīca tika atdota atpakaļ draudzei.
Ar 1966./1967. mācību gadu, pēc trešā stāva uzcelšanas un skolas telpu kapitālā remonta, pilnībā notika pāreja uz kabinetu sistēmu.
Kārtējo reizi skola tika reorganizēta 1985./1986. mācību gadā, kad to pārveidoja par nepilno vidusskolu, bet ar 1989./1990. mācību gadu tā jau bija Penkules deviņgadīgā skola. No 1992. gada 1. janvāra skola nonāca Penkules pagasta pašvaldības pārziņā. 1992. gadā tā tika pārdēvēta par Penkules pamatskolu. Ar 1994. gadu tika uzsākta sporta zāles celtniecība.
Ar 1996./1997. mācību gadu skolā uzsāka datorapmācība, un no 1999. gada skolai nodrošināts interneta pieslēgums.
Penkules baznīca. 1569. gada 28. februārī Kurzemes hercogs izdod rīkojumu celt baznīcu - "pili uz kalna" (Tērveti) un Vecauces pili. Izpildot šo rīkojumu, Penkulē uzcēla pirmo koka baznīcu. Pirmā Penkules baznīca atradās pie Bēnes robežas netālu no Smuku mājām, iepretī Ķesteriem un līdzās kādai vecai kapsētai. Šo baznīcu dēvēja par Smuku jeb Apšu baznīcu. 1632. gadā šo baznīcu vēl lietoja, bet 1637. gadā baznīca jau bija dzīvībai bīstamā stāvoklī. 1654. gadā baznīca sabrukusi. Jaunu baznīcu tagadējā Penkules centrā uzcēla Tērvetes muižas pārvaldnieks hercogs E.Birkens 1691. gadā. Tā bijusi no mūra ar sarkaniem dakstiņiem. Bet jau 1697. gadā izrādījās, ka baznīcas tornis ir pārāk nedrošs, lai turētu divus baznīcas zvanus. Par šo torni vēl dzirdams 1721. gadā, bet jau 1741. gadā to vairs nepiemin. Vēl 1795. gadā atzīmēts, ka baznīca ir no mūra ar salmu jumtu un ģēvelē piestiprināti divi zvani. Nav zināms, cik ilgi tur baznīca atradusies.
Vēlākajos gados ir celta trešā baznīca no koka ar salmu jumtu bez torņa. Šī baznīca nav ilgi pastāvējusi, jo 1865. gadā ir uzcelta jauna, pēc skaita jau ceturtā baznīca, bet, iespējams, ka tikai pārbūvēta esošā ar jaunu torni. Šī baznīca iesvētīta Ticības atjaunošanas svētkos 1865. gada 17. oktobrī (pēc vecā stila). Baznīcas kapitālais remonts izdarīts 1908./1909. gadā.
Penkules draudze savas pastāvēšanas laikā vienmēr ir bijusi patstāvīga. Kādreiz tai ir bijusi sava mācītāja vieta, bet rakstītos avotos minēts, ka jau 1621. gadā baznīca bijusi tik tālu sakritusi, ka mācītājs tur nav varējis uzturēties. Kopš 1691. gada Penkules draudzi apkalpoja Kalnamuižas, vēlāk Tērvetes draudzes mācītājs. Ar 1927. gadu katrai draudzei bija savs pastāvīgs mācītājs. 1934. gadā baznīca tika kapitāli restaurēta. Tā tiek pie jaunas altārgleznas. Atjaunotās baznīcas iesvētīšanā piedalījies Valsts prezidents A.Kviesis ar kundzi.
Baznīcai bijusi liela draudze un regulāri notikuši dievkalpojumi. Visos baznīcas svētkos līdzdalību ņēmis baznīcas koris. Kādu laiku par draudzes mācītāju kalpoja Valdis Mežezers. Viņš cēlies no Kalnamuižas, bijis dzejnieks un rakstnieks, rīkojis arī rakstnieku vakarus. Kādā no tiem piedalījās Fr.Dziesma un Anšlavs Eglītis. 1942. gadā uz mācītāja ievešanu amatā bija ieradusies rakstniece Zenta Mauriņa.
2. pasaules kara laikā vajadzēja nodot krāsainā metāla izstrādājumus, lika noņemt arī baznīcas zvanu. Pirmo pavēli par zvana noņemšanu centās noklusēt. Pēc atkārtotas pavēles pagasts paziņoja, ka tā rīcībā nav ierīču, ar kuru palīdzību zvanu varētu noņemt no torņa. Tad atbrauca vācu vienības, kas to noņēma un aizveda.
20. gs. 60-os gados draudze pārstāja darboties. Baznīcu izmantoja graudu glabāšanai. Baznīcai un tornim bija nepieciešams remonts. Torni neviens neņēmās labot, tāpēc to ar traktora palīdzību novilka zemē. Tā kā skolai nebija savas sporta nodarbību telpas, tad 1965. gadā bijušās Penkules baznīcas telpās ierīkoja sporta zāli, kuru izmantoja gan skolas, gan ciema sportisti. Ar 1994. gadu baznīcu skola atdeva atpakaļ draudzei, kas uzsāka baznīcas un torņa atjaunošanas darbus.
Penkules baznīca ir evaņģēliski luteriskā baznīca. Tai ir īpatnējs altāra veidojums - altārim ir jāstāv uz austrumiem, bet tas stāv uz ziemeļiem. Penkules baznīcas altāra glezna ir saglabājusies un atrodas Rundāles pils muzejā. To gleznojis Atis Grunde, izmēri 165 x110,4 cm. Gleznā attēlota Jēzus Kristus augšāmcelšanās.
1998. gadā tika atjaunotas baznīcas durvis. 1998. gada 16. decembrī baznīcas tornis tika uzcelts no jauna.
Pirmais kolhozs Penkulē bija "Brīvais Arājs", kuru juridiski noformēja 1948. gada 15. jūlijā un tajā apvienojās 32 zemnieku saimniecības.